闯军对官僚体系的设计，与明朝具有极大的不同。

    目前闯军不组建中央政府，只组建省政府，计划设立湖南、江西、广东、广西四个省，目前只组建湖南一省的省政府。

    明朝的省一级机构主要是承宣布政使司、提刑按察使司、都指挥使司三部分。湖南在明朝未设省，所以也没有三司衙门，不过也有一些三司的派出机构。

    主管军事的都指挥使司的工作完全由闯军内部的管理部门承担，原本的卫所全部裁撤，卫所管辖的土地改由县里管辖，卫所的兵丁除了招入闯军野战部队和卫戍部队的之外，都直接转为农户。

    这种变革如果由明朝的官府来办，是根本不可能实现的，因为他们对抗不了卫所军官的强大阻力。让清朝来办，也很难，另一时空一直到雍正年间才把卫所裁干净，因为绿营将领中有很大一部分来自卫所军官，贸然裁撤卫所会把卫所兵逼到南明一边。

    让闯军来做，事情就简单得多了。九边的卫所不好动，那里的将门世家根深蒂固，可湖南就不同了，卫所兵的战斗力等同于甚至还不如民兵，卫所军官的实力非常有限，与一般的豪绅地主无异。而且也只有农民军，可以组织卫所的士兵去攻击军官，而不威胁自身的统治。

    虽然裁撤卫所的过程中还是发生了不少兵变，但闯军有绝对优势的武力做依托，对于卫所兵还有格外的优待条件。理论上来说，卫所的土地都是国家的，但实际上，卫所兵都是这些土地上的佃户。藩王、豪绅土地上的佃户，闯军都是把他们变成自己的佃户，卫所兵丁则不同，他们毕竟还有兵的身份，加入闯军是起义投诚。因此在闯军的裁撤方案是将卫所的土地分给他们，让他们变成自耕农。

    卫所军官中那些平素无甚劣迹、未被杀死的，如果他们是私占官田之后用长工种地，那就承认现状，使其变成富农。如果是用佃户耕种，不参与生产的，则将土地分给佃户，这些佃户一般也都是卫所中的同袍。这些军官分调到江西和两广，读过书的转为文职，没读过书的编入卫戍部队。因此，普通士兵对裁撤卫所的抵触情绪不太强，大体来说还比较顺利。

    原本卫所还需要地方协饷，李自成和王瑾都担心改农户之后没有协饷，会不会导致卫所兵生活水平下降。但是实际执行的时候发现，影响并不大，这些协饷本来士兵也吃不到，反而是士兵还要上缴他们的剩余产品。

    布政使司和按察使司的职能全部并入新成立的巡抚衙门。省、府、县三级都是主官之下分设吏、户、礼、兵、刑、工六科。原本明朝的所有机构，全部简化到这六科之内。

    这种安排不见得合理，但是闯军的政权刚刚建立，人才匮乏，只能一切从简。而且还有非常吃人力的田兵制度，那是个无底洞，有再多的干部也不可能全面完善，只能边走边看。

    省级主官称巡抚，府级称知府，县级称知县。主管六科的官员则分别叫作吏官、户官、礼官、兵官、刑官、工官，省、府、县三级都是一样，简单粗暴，一目了然，只有六科之下具体的盐课、僧道等部门的主管官员才有专门的称呼。